Tilbagegange i fiskeriet er ikke af nyere dato, allerede i 1600 tallet gik det hårdt ud over silde fiskeriet og Skagen landsogn blev ødelagt af sandflugt
Heksen Hose-Mette og troldkarlen Klør Knægt fra Aalbæk blev brændt på bålet i 1624.
Det sorte Vippefyr med jernkurv, til stenkul, som alle Skagens ‘farere’ kender, blev opstillet på Fyrbakken i 1627.
På trods af flytning af byen ,slap Skawboerne ikke for sand. I 1633 var alle haver og diger i den vestlige del af byen overløbne med sand. Ikke kun sandet overløb Skagen, Svensken kom i 1644 og indvaderede Danmark, og der var nu krig.
Det første fyr blev bygget i 1747, hvor man opførte ‘Det hvide fyr’ som i dag er en af de store turistattraktioner tæt ved Skagen gren.
Sandflugten i 1775 forhindrede brug af Sct. Laurentii kirke.
En tolder i Skagen år 1787, Olaus Olavius, lavede en omfattende beskrivelse af Skagens købstad og sognet. Man indførte en lov om dæmpning af sandflugten, og påbød alle Pligtarbejde indenfor 3 mil fra egen bolig.
Sct. Laurentii kirke blev nedlagt i 1795
Ole C. Lund, som var byfoged og sandflugts kommissær, sørgede i 1806 for
plantning af løvtræer ved sin bolig, starten på ‘plantagen’ eller ’sygehusskoven’ som den også kaldes. Ole C. Lund Fik tilsendt en negerslave, Jan Leton, han var en gave fra en amerikansk kaptajn.
